BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA PERAIRAN (BIOINFORMATHIC OF AQUACULTURE)
Bioinformatika dalam budidaya perairan cakupannya luas. Sangat banyak peranan di dalamnya. Bioinformatika merupakan gabungan dari 2 kata yaitu bio (biologi) dan informatika. Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis terutama dengan menggunakan sekues DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Untuk sekues DNA dan kaitannya dengan dunia budidaya perairan sudah banyak dilakukan berbagai macam penelitian untuk meningkatkan komuditas produksi budidaya perikanan tersebut. Pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi mekanisme khususnya DNA yang melatarbelakangi fisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya tersebut. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur melalui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.
Seiring perkembangan teknologi berbasis DNA, menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetik yang dihasilkan oleh para peneliti. Jumlah informasi genetik yang banyak ini mutlak memerlukan ilmu komputer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Software-software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian agar hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam suatu penelitian diharapkan mampu meningkatkan produktivitas budidaya perairan.
Penerapan Bioinformatika di bidang budidaya perairan yaitu salah satunya pada klonning promoter β-AKTIN pada ikan gurami (Osphrenemus gouramy) dilakukan untuk mengisolasi promoter β-AKTIN tersebut. Promoter diisolasi dengan menggunakan metode “ degenerate “ PCR, menggunakan mesin ABI PRISM 3100-Avant dan analisisnya menggunakan program BLAST. Analisis BLAST dapat menunjukkan bahwa sekuens DNA hasil klonning memiliki suatu kemiripan dengan sekuens gen β-AKTIN ikan yang ada di Bank Gen. Dan hasil amplifikasi PCR merupakan sekuens promotor β-AKTIN ikan gurami. Perbandingannya dengan klonning cDNA hormon dari pertumbuhan ikan gurami (Osphrenemus gouramy) yaitu dari klonning cDNA ini mengkode hormone pertumbuhan, serta klonning cDNA pada ikan gurami ini amplikasi PCR besar dan analisis sekuensnya terlihat dari gen GH ikan gurami secara evolusi adalah konserf. Itulah 2 penerapan klonning ikan gurami bagi perkembangan bioinformatika di bidang budidaya, dimana satu sama lain saling berhubungan.
SUMBER :
