BIOTEKNOLOGI DI DUNIA BUDIDAYA

BIOTEKNOLOGI DI DUNIA BUDIDAYA

Bioteknologi dalam dua dekade terakhir telah berperan besar dalam sebagian besar disiplin ilmu contohnya adalah ilmu kedokteran, farmasi dan pertanian. Dengan perkembangan teknologi di setiap bidang (termasuk akuakultur), peluang penelitian dengan menggunakan teknik-teknik terbaru pun muncul dan hal ini membangkitkan pula industri bioteknologi dewasa ini. Bioteknologi yang berperan serta di dalam dunia budidaya adalah :

A. Teknologi ekspresi protein

 Produksi protein rekombinan sedang tenar dalam bidang bioteknologi. Ada berbagai metoda yang dapat dipilih sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi),sel insekta maupun transgenik. Banyak produk sebagai contoh hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur. Ekspresi antigen untuk pengembangan vaksin mewakili pula kegiatan dalam bidang ini.

B. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL

Teknologi “sidik jari” DNA dan pemetaan DNA semakin mempermudah perkembangan ilmu dalam budidaya. Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit. Pemetaan dan karakterisasi gen semakin dipermudah dengan adanya teknologi QTL (Quantitative Trait Loci).

C. Vaksin DNA

Kegiatan ini melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi. Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan  perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.

D. Chip DNA

Teknologi baru ini mampu menganalisa ekspresi ribuan gen dalam satu microchip. Teknologi ini berkembang pesat dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa genetik. Dalam akuakultur sudah ada beberapa grup riset yang menggunakan teknologi ini untuk meneliti ekspresi gen pada ikan.

E. Proteomics

Proteomics adalah bidang baru dalam biology modern. Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein (tingkat ekspresi, interaksi, modifikasi setelah translasi dan lainnya) dalam skala besar untuk memperoleh pandangan jelas dan terintegrasi sebagai contoh untuk mengetahui proses yang menyebabkan penyakit, meneliti proses-proses dalam sel, networking pada skala protein. Teknologi ini adalah kombinasi dari elektroforesis “2D” polyacrilamide gel dengan spektrometer. Ditunjang oleh teknologi komputer untuk mengolah data dan bioinformatika, teknologi ini menjadi metoda yang cepat dan sensitif untuk mengetahui karakterisasi protein. Kesimpulannya teknologi ini bisa mengidentifikasi protein yang dapat berperan untuk penemuan obat, theurapeutics dan lainnya.

F. Teknologi Transgenik

Teknologi transgenik telah digunakan sejak 1980 dan sekarang berkembang memproduksi makhluk hidup dengan fenotip yang diinginkan. Teknologi ini pun berguna di bidang kedokteran sebagai bioreaktor untuk membuat protein therapeutic. Saat ini teknologi memungkinkan untuk mengintroduksi gen yang diinginkan pada binatang maupun tumbuhan. Dalam bidang akuakultur teknologi ini berguna untuk meningkatkan laju pertumbuhan ikan; mengatur kematangan gonad, diferensiasi sex dan sterilitas; meningkatkan resistensi terhadap pathogen; mengadaptasi ikan terhadap lingkungan baru (freeze resistance!); merubah karakteristik biokimia dari daging ikan sehingga menciptakan rasa daging yang diinginkan; mengubah jalur metabolisme sehingga terjadi efisiensi pakan.

SUMBER :

http://informasibioteknologi.files.wordpress.com/2009/12/biofuel.jpghttp://dado-danang.blogspot.com/2011/05/bioinformatika.html

http://www.cf.gu.se/english/Genomics/Services+provided/Fragment_analysis/Microsatellite_genotyping/

http://www.immune.org.nz/?t=919

http://clifton.mech.northwestern.edu/~me381/project.html

http://biol.lf1.cuni.cz/ucebnice/en/proteomics.htm

http://informasibioteknologi.wordpress.com/2009/12/09/saatnya-memanfaatkan-teknologi-transgenik-untuk-produksi-biofuel/

http://akuakultur.wordpress.com/2006/12/12/bioteknologi-dalam-akuakultur/

DUNIA NCBI

DUNIA NCBI

Institusi yang sangat konsen sebagai sumber informasi tentang biologi mokuler adalah NCBI (National Centre for Biotechnology Information). Dunia NCBI itu menerangkan bahwa NCBI tersebut dapat membuat database yang dapat diakses oleh publik, membantu riset biologi, dapat mengembangkan software, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.  Jadi NCBI itu sangat berguna bagi perkembangan teknologi saat ini. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.  

BLAST merupakan salah satu tools yang ada di NCBI. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein

4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.
Selanjutnya data NCBI di akses PubMed yang memiliki pengertian sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PubMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan.

PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat.
Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.

Tujuan dari NCBI bagi masyarakat adalah sebagai suatu sumber biologi mokuler yang dapat diakses kapanpun dimanapun dengan menggunakan teknologi informasi.

Sumber link :

file:///D:/Peran%20database%20NCBI%20dalam%20mendukung%20penelitian.htm

www.ncbi.nlm.nih.gov